O Conselho de Administração é o órgão deliberativo e de supervisão superior da Fundação Luís Eduardo Magalhães. É constituído por 13 membros escolhidos pelo próprio colegiado para um mandato de dois anos, admitida a sua recondução por igual período. O Conselho se reúne trimestralmente, em sessão ordinária e extraordinária, quando convocado pelo seu presidente ou por requerimento de um terço de seus membros.

1. Conselheiro: Manoel Vitório da Silva Filho - PRESIDENTE
Secretário da Administração do Estado da Bahia - SAEB
Suplente: Dr. Edelvino da Silva Góes Filho
Chefe de Gabinete da Secretaria da Administração do Estado da Bahia - SAEB

2. Conselheiro: Manoel Joaquim Fernandes de Barros Sobrinho - VICE-PRESIDENTE
Reitor da Universidade Salvador - UNIFACS
Suplente: Manoel Joaquim Fernandes de Barros
Vice-Reitor para Relações Institucionais da Universidade Salvador - UNIFACS

3. Conselheiro: Tiago Falcão Silva
Secretário de Gestão do Ministério do Planejamento, Orçamento e Gestão - SEGES
Suplente: Walter Shigueru Emura
Secretário Adjunto Gestão do Ministério do Planejamento, Orçamento e Gestão - SEGES

4. Conselheiro: Naomar Monteiro de Almeida Filho
Reitor da Universidade Federal da Bahia - UFBA
Suplente: Francisco José Gomes Mesquita
Vice-Reitor da Universidade Federal da Bahia - UFBA

5. Conselheiro: Lourisvaldo Valentim da Silva
Reitor da Universidade do Estado da Bahia - UNEB
Suplente: Luiz Carlos dos Santos
Assessor Especial da Universidade do Estado da Bahia - UNEB

6. Conselheira: Eva Maria Cella Dal Chiavon
Secretária da Casa Civil do Governo da Bahia
Suplente: Ranieri Muricy Barreto
Assessor Especial da Casa Civil do Governo da Bahia

7. Conselheiro: Fernando Roth Schmidt
Chefe de Gabinete do Governador do Estado da Bahia
Suplente: Suzana Claudete Matutino Sá
Subchefe de Gabinete do Governador do Estado da Bahia

8. Conselheiro: Carlos Martins Marques de Santana
Secretário da Fazenda do Estado da Bahia - SEFAZ
Suplente: Luiz Roberto Santos Ferreira
Diretor da Superintendência de Administração Fazendária – SGF/SEFAZ

9. Conselheiro: Rui Moraes Cruz
Procurador Geral do Estado da Bahia
Suplente: Joselita Cardoso Leão
Procuradora Geral Adjunta do Estado da Bahia

10. Conselheiro: João Eurico Matta
CRA - Conselho Regional de Administração (Conselheiro)
Suplente:Maria da Graça Pitiá Barreto
UFBA - Universidade Federal da Bahia (Professora)

11. Conselheiro:Adriano Tambone
SAEB - Secretaria da Administração (Superintendente de Recursos Humanos)
Suplente:Joana Costa Pinheiro
SAEB (Diretora de Desenvolvimento de Recursos Humanos)

12. Conselheiro:José de Freitas Mascarenhas
FIEB - Federação das Indústrias do Estado da Bahia (Presidente)
Suplente:Reinaldo Dantas Sampaio
FIEB - Federação das Indústrias do Estado da Bahia

13. Conselheira:Haiyan Qian
United Nations Unies - Division for Public Administration and Development Manangement - Department of Economic and Social Affairs