O Conselho Fiscal é o órgão superior de controle econômico-financeiro orçamentário e de auditoria interna da Fundação Luís Eduardo Magalhães. É constituído por 5 membros escolhidos pelo Conselho de Administração da Flem para um mandato de 2 anos, admitida sua recondução por igual período. O Conselho Fiscal se reune trimestralmente, em sessão ordinária e, extraordinariamente, quando convocado pelo seu Presidente, pelo Conselho de Administração, pelo Superintendente Geral da Flem ou a requerimento da maioria dos seus membros.

Conselheiro: Paulo de Souza Nunes Filho – Corregedor Geral da Secretaria da Administração - SAEB
Suplente: Adriano Tadeu Oliveira Guedes Chagas – Coordenador Executivo do Gabinete do Secretário da Administração - SAEB

Conselheiro: Carlos Alberto da Silva Batista – Subsecretário da Fazenda - SEFAZ
Suplente: Sandra Silva Costa – Diretora da Universidade Corporativa do Serviço Público do Estado
da Bahia – UCS/SEFAZ

Conselheiro: Roberto Conceição dos Santos – Assessor Técnico da Casa Civil do Estado da Bahia
Suplente: Antônio de Pádua Melo Neto – Assessor Especial do Gabinete da Secretária da Casa Civil

Conselheiro: Sudário de Aguiar Cunha – Diretor Geral da Faculdade de Ciências Contábeis da Universidade Federal da Bahia - UFBA
Suplente: José Bernardo Cordeiro Filho – Vice-diretor da Faculdade de Ciências Contábeis da Universidade Federal da Bahia - UFBA

Conselheiro: Marcos Ricardo Cruz da Silva – Gerente de Consultoria Tributária da PERFORMANCE Auditoria e Consultoria Empresarial
Suplente: Sandro Nascimento do Amaral – Gerente de Terceirização Contábil da PERFORMANCE Auditoria e Consultoria Empresarial